Родилась 4 сентября 1983 года в семье инженера и учителя истории в г. Барнауле Алтайского края. Окончила 40 гимназию г. Барнаула.

В 2006 году окончила заочное отделение факультета политических наук Алтайского государственного университета по специальности «политология». В период обучения начала трудовую деятельность социальным работником в Центре помощи семье и детям в г. Барнауле. С 2008 года являлась помощником депутата Алтайского краевого Законодательного Собрания.

С сентября 2001 года является членом КПРФ.  С 2007 года работает в аппарате краевого комитета КПРФ. Начала трудовую партийную деятельность с должности инструктора краевого комитета. В период с 2009 по 2011 год была главным редактором сайта Алтайского краевого комитета.

В 2008 и 2012 годах баллотировалась в депутаты Барнаульской городской Думы.

27 мая 2017 года  на XVII Съезде КПРФ Мария Прусакова избрана членом Центрального Комитета партии. 

Первый секретарь Алтайского крайкома КПРФ. 

Замужем, воспитывает 2 детей.